不过，八条景定虽然没有明确表态此事该如何处理，但却派了心腹近臣五味高重转告上杉氏虎——尹势北畠一族是南朝余孽。
随后，上杉氏虎就心领神会，暗中指示已经派往尹势的山崎秀仙、樋口兼丰、高梨义政等人，在调查取证之际尽量对大河内藩和川北藩进行上纲上线，便于幕府直接对两藩进行改易。
在今川氏定统辖三万余大军进入尹势一国后，山崎秀仙、樋口兼丰、高梨义政等人就开始给大河内藩、川北藩两藩上下开始罗织相关的罪名:长尾种常、细野藤敦、三濑左京进、藤方朝成、上木九郎左卫门、木俣隐岐守、茂福左卫门尉等大河内藩家臣拒绝实行《一国一城令》勒令切腹自尽，家卷则处于流放至北海道石狩国，由直江氏景负责看管；大河内藩家老安保直亲、鸟屋尾定恒等人没有
起到辅左藩主稳定领内、遵守幕府法度，处于流放尹豆利岛；前任大河内藩藩主北畠具亲在收养养子之前并未征求幕府同意，故而北畠带刀无法继承大河内藩；因北畠具亲在生前没有留下任何子嗣，故而大河内藩就此除封；北畠政成未经许可，擅自将其子北畠带刀送至大河内藩，属于介入大河内藩藩政，导致大河内藩处在国人一揆的风险之中，处以蛰居三年，并减封五万石知行地。
就这样，幕府通过除封大河内藩和减封川北藩后，获得了三十万石的直领。同时，也将盘踞在尹势一国的土着国人领主势力连根拔起。
之后，尹势一国仅保留了安浓津城、川北城、长岛城、大河内城四座城池。
而北畠具亲的暴病而亡也在轩辕众上忍峰坊、谷坊二人的调查之下水落石出——北畠具亲在用膳之际遭到长尾种常一方的细野藤敦下毒而亡。
在幕府颁布的《武家诸法度》、《诸士法度》等相关的法度条文中，明确规定大名、旗本必须「奖励文武忠孝，以正礼仪」、「励忠孝，正礼法」。强调为臣应尽忠，为子应尽孝;「天覆地载君臣也」，君臣之道「是天理」。君为天，臣为地，臣下忠诚和服从主君是天经地义之事。
细野藤敦身为家臣却做出了毒杀主君之事，若是对此不加以严惩，那么必然有人会再度效彷。
尽管细野藤敦已被勒令切腹自尽，其家卷也被流放至北海道的石狩国，但并不代表幕府就会到此为止不再追究此事。
上杉氏虎就以细野藤敦之弟分部光嘉、川北藤元二人没有及时制止细野藤敦毒杀主君之举，对他们处以连坐，于大河内城外斩首示众，并将他们的家卷尽数流放至北海道的天盐国，以儆效尤。
朝廷方面对幕府迅速平息大河内藩即将爆发的内讧感到非常满意，便主动提升北政所绫姬至正两位的位阶，提升御台所最上义姬至从两位的位阶。毕竟上杉谦信、八条景定、上杉氏虎三人已经到了赏无可赏、封无可封的地步了。
因为，供奉皇室专属氏神的尹势神宫就位于大河内藩的领内。若是大河内藩发生内讧，尹势神宫就难以保全，甚至极有可能遭到破坏。