通过上述办法：人们的思想就一定能统一起来。只有人人都以法来权衡事务，秦国就必然大治了，这样讽谤之风也会停止。秦国若是用这个办法，必定会长治久安，陛下的千秋伟业也必将世代相传。请陛下纳臣之谏，雷厉风行，诏令全国。
始皇帝一口气读完了李斯的奏章，心中震撼不已。散朝后他就留下李斯，问：“丞相此计是否会把古代的文化典籍摧毁殆尽？朕是否会落个千古的骂名？”李斯诚惶诚恐地回答：“毁了民间的书籍，对秦国没有任何损害。秦国从来都是以严法治国，才从蕞而小国发展为西方强国，最终一统天下。现在六国的臣民还非常怀念他们的故国和过去的主人，假如不用法令使他们忘记过去，就很难驾御天下！因此请陛下当机立断，早作决定。自古伟人造伟业，伟业须由伟人造，您还忧豫什么呢？请陛下顺应时代的潮流，发起焚书运动吧？”始皇帝听了这番言词，龙颜大悦，当机立断道：“卿之言正附合水德之说，准奏！”于是立即诏令全国，开始全国焚书。
始皇帝的长公子扶苏，时年二十七岁，长得面容俊朗，英姿勃勃，听说父皇要在全国焚书，急忙进宫来劝谏，他说：“陛下，书是圣贤之语，明理之本。如今度烧毁了，国家拿什么来教化百姓？况且人不教化就不会明白事理，不明白事理就与禽兽一样啦？”始皇帝大笑道：“禽兽之所以能被驱遣，就是因为它们没有思想啊，黔首们如果不明事理，驱遣起来不就与禽兽一样简单容易了吗？老百姓可以驱遣，但不能让他们明白为什么要被驱遣，这里头奥妙深着呢，你小子回去慢慢琢磨一下《商君》之书吧！”扶苏就不敢再说什么了，只好退了出来。
随后朝廷就颁布了焚书令。时间不长，在咸阳宫前的大广场上，上缴的图书就已经堆成了山。官员们就把这些成困的书册点着了焚烧，熊熊大火烧了十几天，浓烟把人们呛得擤鼻涕抹眼泪。这把大火就从咸阳烧起，然后向全国各地蔓延。官吏们谁不害怕皇帝？老百姓谁不害怕官吏？谁敢因为私藏几卷书籍而招来灾祸呢？于是人们就把家里所有的藏书都拿出来在门前焚烧，民间的书册与典籍就这样全都付之一炬了。当时只有曲阜孔子的家庙内，孔鲋偷偷的把数十部经典书籍藏在一面墙壁的夹层中，才得以保存了下来，他本人也逃往嵩山隐居起来。直到汉景帝时这些藏书才得以重现人间，这是后话。除此之外，在一些穷乡僻壤也保存了几册《诗经》和《书经》，其余地方就全部被烧毁。这是人类文化史上的一场空前浩劫，它把中国古代的文献和远古的文明，就这样一时间摧毁殆尽了。