次日，始皇痛恨徐福害得百姓骨肉分离，又气恼茅盈欺骗了他，卢生诅咒他，还有众儒生痛骂他，一气之下，就把这些人全部定为死罪。这些人中，大部分是方术之士，也有少数极端仇秦者，还有一些是爱发牢骚，没有真才实学的酸儒，圣贤之徒也占少部分，总共四百六十多人，可谓是良莠不齐，鱼龙混杂，现在没人能救得了他们，就被秦军驱赶出城，押往渭水之滨的洪坑沟行刑。
就在大家出城的时候，有一位年轻的女子站在路边，望着队伍中的丈夫哀伤流泪。始皇帝正好出城，看见了她，就下车走到女子的身边道：“你为谁而泣？”女子道：“为夫君而泣。”始皇道：“你知道他犯禁而不检举他，你可知罪？”女子不慌不忙地回答：“小女子听说实行德政的君王就像天上的北斗星一样，坐在自己的位置上，众星都朝着它。君王为了杀掉这些手无寸铁的弱者，而亲自大驾光临，人们如何仰视您？”始皇大惊失色，就诧异地看着女子道：“秦国素来以法治国，他们是犯禁者，理应处死，这有异议吗？”女子回答：“君王知道禾苗和雨露的关系吗？”始皇道：“此话怎讲？”女子答道：“七八月间，禾苗枯槁，冬天就死亡。可当来年春风吹来，天公便油然作雨，禾苗又蓬勃生长。如果君王施仁爱于百姓，就像天降甘霖于禾苗，这样君王就无敌了！”始皇帝心里更加钦佩她，就道：“朕以法来衡量世间的一切，如果抛弃了法理，而改用仁义，就不是以身作则了，又如何做天下的表率？”女子继续说：“左右的人都说这个人可杀，不要听；诸大臣都说杀，还是不要听，国人都说杀，君王再仔细考察一番，发现却有可杀之罪再杀之，所以说这个人是国人杀的，这样的君王才能做万民之父母。”始皇帝面带愧色，道：“朕定法在前，而法是国人遵守的准则，现在朕如果听了你的话赦免了你丈夫，就是徇私枉法，法律就成了一纸空文，朕将如何面对天下的百姓？”女子道：“小女子听说桀、纣之所以失天下，是因为失去了百姓，失去了百姓其实就是失了人心。得天下也是有方法的，就是先要得到民心，得民心者得天下，这话人人都知道但却做不到。”始皇就非常钦佩地说：“朕可以赦免你的丈夫！”
忽然身后有人高声道：“王子犯法与庶民同罪，更何况他只是臣的女婿！陛下今天能赦免臣的女婿，天下之人都会认为您怀有私情！”始皇回头一看，原来是李斯。李斯就上前道：“按照陛下的诏令，若有人犯禁，不检举者同罪。现在臣治家不严，以致于臣的女婿也敢犯禁，不仅要治他的罪，就是他的妻子也不例外！”李灿听了这话，几乎瘫倒在地。始皇帝大惊，才知道她就是李斯的小女儿李灿。始皇帝就道：“如此说来，丞相也脱不了干系啊？”李斯大惊，就赶紧垂首恭立一旁，不再言语了。
始皇就对李斯道：“丞相养了个好女儿，她不能没有丈夫啊？”李斯道：“陛下若真爱护百姓，就应该修明刑罚。臣听说晋文公从前召集诸侯大夫于侍千宫，可是他的一位宠臣颠颉迟到了，大臣们就问该怎么处治。文公说杀了他。监斩官就斩了颠颉，并且拿他向国人示众。晋国人从此胆战心惊地道：‘颠颉如此受宠，都被正法，何况我们！’后来文公发兵攻打曹国和五鹿，军队接连获胜，又打塌了郑国的城墙，还把卫国的田地改为东西垅，后来又与楚国决战，取得城濮大捷。他命令三军前进，将士就像水往坡下灌一样快；他命令三军停止，将士就像是斩断了双脚一样立刻停下。三军将士没有一人敢违抗命令，就是这么一次借故行刑的缘故，晋国从此就大治了。还有周公旦杀了管叔，流放了霍叔，天下人都说：‘亲兄弟有了罪都不能免刑，何况疏远的人！’当周公旦的刀锯加于朝廷之上时，国家也就大治了，所以说修明刑罚的道路可以达到不用刑罚。今天陛下能杀臣之女婿，天下人一定会说：当今皇帝执法，既是丞相之婿都不能赦免，何况别人。如此秦国的大治就在眼前了，请陛下明察？”秦始皇听了李斯的这番话，只好让人把胡胜带走。李灿就非常生气地转身离开了。
扶苏拿着诏令出宫后，就哭着回家向母亲说明情况，然后带上随从就离开了咸阳。他们一行人向北迤逦而行。扶苏迈着沉重的脚步，他马也不骑，满脑子都是儒生的影子。一个时辰后，忽然有人从后面追了上来，道：“公子！”原来扶苏平素为人仁德贤孝，他知道父皇要杀儒生，但从心里不相信，就派了几个人偷偷地跟着去看，他要确切地知道那些犯禁者究竟被父皇怎么处置。这几个人看清楚后就声色慌张地跑来报告：“公子，那四百人真的被活埋了啊！”扶苏一听，惊得目瞪口呆。他们又说：“我们奉了您的命令，就在城外等侯，那四百多人就全部被赶往渭水之滨的洪坑沟。有些人不想死，他们就往外跑，可是他们都被绑着，根本逃不掉，就被驱赶在沟底里。一会儿，一声号炮响后，谷口两旁的山坡上就扯起了木排，土石一齐滑下，就将谷口给封死了，然后又用箭射，一会儿就听不到声音了啊！”
扶苏听完，扑腾一声跪在了地上，他面朝咸阳方向悲叹道：“苍天呀！你为何要如此残酷地惩罚我大秦国啊？”一声苍天，声泪俱下。忽然一阵大风吹来，无情的沙尘吹打在他的脸颊上。这时左右的人就扶起了他。扶苏用袖子遮住脸，踉跄着向北方而去。后人把坑杀儒生的地方称为‘坑儒谷’。