汉军八旗在天聪时期建立的一个旗，到皇太极的崇德元年又建立了两旗，崇德四年扩大为四旗，崇德七年，建立了汉军八旗。虽然从习惯上来说，都将满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗理解为各自独立的单位。
其实上却并非如此，同一色旗的领主或旗主，实际上领有满洲、蒙古、汉军三个军旗。
这话的意思是，旗主永远只有八位，但是因为每个旗主下面拥有满洲八旗，蒙古八旗、汉军八旗，也就是说有三个固山额真，所以八旗就有二十四个八旗固山额真（也就是后来的都统），八旗有二十四个固山编制就是来源于此。
比如说，努尔哈赤的幼子多铎，在崇德年间领正白旗，有一次他犯罪了，要剥夺他的一些佐领，结果就把他正白旗下的满族固山下的满洲佐领，蒙古固山下的蒙古佐领和汉军固山下的汉军佐领，都抽出一部分，不再归其统辖。
所以，入关后八旗旗主王公的再分封，所分封的佐领，仍是满洲、蒙古、汉军三个固山佐领下的旗人。这些旗人，都是领主的奴才，有主奴关系。另外就是行政、利益分配、军事部署，在很多情况下是个整个旗（包括三个固山）为一个大单位的。
旗主是管一色旗旗主的领主，每旗一人，也中叫固山贝勒。皇太极称帝后，宗室贝勒分为王公等爵，以前的旗主贝勒都封和硕亲王，所以崇德年间凡封和硕亲王的，都是旗主，不是旗主也不够封和硕亲王的资格
。当时有睿亲王多尔衮、礼亲王代善、郑亲王济尔哈朗、成亲王岳托、豫亲王多铎、肃亲王豪格，因为当时两黄旗是由皇太极亲自领旗，所有只有其他六个旗才有亲王旗主。