距离北原真树于树林内的‘圣经吟唱’已经过去了一个星期，东京的情报组织之间的碰撞愈发激烈，然而帝丹小学仍是和平依旧，只不过在下午做值日时，光彦急匆匆地跑进教室大喊道
“不好了，不好了！柯南！大势不妙了啊！一个四年级的女生凭空消失了啊！”
柯南一听来了案子，立刻从萎靡不振的状态中恢复了过来，赶紧向光彦问道
“发生了什么？”
“是这样的！她是四年级的雨宫祥子，因为她的姐姐和我的姐姐是朋友，所以我们一起玩过几次。昨天我明明和她约好了今天一起回家，但是我去她们班找她却发现她今天根本没来上学。哦，对了，她跟人的感觉就跟灰原同学差不多。”
听到这里，柯南还有灰原都对视了一眼，觉得事情不会这么巧吧……
这个时候，刚好柯南他们班的班主任小林老师走了进来，听到他们在讨论四年级的雨宫祥子同学时，为了让这群孩子们放心，她说道
“其实雨宫同学今天本来预定是要请假的，因为他们家要去九州参加她叔叔的葬礼。可是昨天突然打电话说会正常上学。虽然今天她还是没来，但是也有可能突然是改变了预定，今天就去了九州。她们班的临时班导也是这么觉得的。”
“临时班导？”
“是啊，雨宫她们班原来的班主任出了车祸现在还在医院，那位临时班导就是前天来到我们学校的平田老师。现在平田老师也在联系雨宫的父母……好了，这些事情就交给大人来操心吧，现在已经是下午了，你们快点回家吧。”
原来的班主任出了车祸进了医院，然后突然出现了一名新老师，而且失踪的女孩跟灰原很想……
柯南和灰原此时开始担心了起来，现在灰原在北原真树的建议下留起了长发，并且还带上了贝尔摩德送给她的防蓝光眼镜，可以说在外表上和之前有了很大的不同。
但是那名四年级的女生要是被当成了和‘宫野志保’有关的人可就麻烦了，她甚至她们家都很可能遇上了危险。
十分自己的定位的灰原立刻打电话给了北原真树，跟他说清楚了前因后果之后，北原真树沉思了一会儿，给出了不太可能是黑衣组织的回答。
因为琴酒现在被之前北原真树的戏耍弄得火大得很，所以他最近一直在搜索到底是谁利用了板仓，还打算伏杀他，更重要的是那个软件磁盘，因为琴酒没有将它带回，所以让bo感到十分地不满，并且还暗示了最近琴酒的业务水平有所下滑——先是放走了宫野姐妹，现在是让本来应该十拿九稳的软件磁盘落入了别人的手中。
然后是可能关注到灰原哀的fbi则是被公安撵得到处跑，哪里还有什么精力去注意一个小学女孩。
不过求稳的北原真树则打算待会儿和贝尔摩德一起过去，伪装成假期当中被小孩们找出来玩游戏的大人，然后听取了孩子们的意见——去帮忙找一找那名失踪了的小女孩。
少年侦探团接下来去寻找关于那名失踪了的孩子的线索，发现最近的两三天中，她一直都是一个人回家，也不愿意和朋友说出原因，这让柯南和灰原都觉得那个女孩可能是察觉到了危险，但是独自一个人回家又不太合乎常理，难道说她最近有什么不能和别人说的秘密吗？
五个人在校园里收集完情报之后出了校园大门，打算现在就去雨宫家看一看，然后就看到了两个带着墨镜的人笑着向他们招手。
“是北原哥和伊芙琳姐姐。我们过去吧，到时候调查雨宫家的事情也能够方便很多。”