就算是赤尾城到了如此山穷水尽的地步，赤尾清纲、雨森清贞、海北纲亲、远藤直经四人仍然执迷不悟，意图负隅顽抗，甚至偏执的认为浅井长政必然会派遣援军前来救援赤尾城的，只需继续坚守下去即可。
然而，随赤尾清纲、雨森清贞、海北纲亲、远藤直经等人参阵的下坂若狭守、田那部式部丞、河毛清旨等浅井家奉行人、旗下国人领主为了自己能够活命，只能对不住同僚了。
元龟元年，七月十五日，深夜。
趁着夜深人静之时，下坂若狭守、田那部式部丞、河毛清旨等人率部突袭了赤尾城的本丸，将毫无防备的赤尾清纲、雨森清贞、海北纲亲、远藤直经四人讨取，而后大开城门向上杉军投降了。这就让原本准备大展身手的山崎兵库头毫无表现的机会。
然而，上杉氏虎却并不打算在这赤尾城多做停留，在安排收缴城兵武器、安排领民返回各自村落后，他就留下上野出身的山名义季率五百军势留守赤尾城，以防自己的退路被切断。
由于如今的浅井长政纵酒作乐、穷兵黩武，很快就引起了浅井家治下诸郡各大领主以及领民的反抗，野村直隆、熊谷平次郎、多贺贤长多贺长则、藤堂嘉房多贺贤长之弟、藤堂虎高等浅井家家臣见上杉将军家势大，以及为了优先确保家名存续，还没等上杉军进入浅井郡，他们就争先归附上杉将军家。
其中，野村直隆为了讨得新主的欢心，更是直接将自己治下的国有村献给上杉将军家作为直领。他的这一举动让上杉氏虎感到非常满意，直接下发给他雨森城两万石的安堵文书。
等到赤尾城陷落的消息传至南近江诸郡后，一时间南近江诸郡大震。作为织田家南近江诸郡旗头的柴田胜家急忙对观音寺城、长光寺城、箕作山城、永原城、山中城、小川城、势多城、三云城等地进行加固城防、囤积粮草，以防上杉将军家趁机发起对南近江诸郡的侵攻。
因为，如今的南近江诸郡并没有太多的兵力留守，大部分青壮都被织田信长调走去用于攻打尾张夺回失地，再加上爱知郡、犬上郡、坂田郡的不少国人领主倒向上杉将军家，瞬间切断了织田家留守在南近江诸郡家臣与织田信长的联系，使得柴田胜家完全不敢轻举妄动，只能眼睁睁看着浅井家的领地被上杉将军家蚕食鲸吞。
浅井久政在得不到上杉氏虎的确切回复后，为了做好最坏的打算，就在小谷城附近的大岳山上新筑一座名为烧尾城的支城来增强小谷城的防御力。
但令浅井久政、浅井长政父子二人都没有料到的是，他们前脚配置的守将小堀正次、速水守久等人，后脚他们就通过先前倒向上杉将军家的山本山城城主阿闭贞征、矶野城城主矶野员昌二人向上杉军主动献出了大岳城，甚至还主动担任先导役，引上杉军向小谷城的月所丸、六坊寺、丁野丸、山崎丸等地。
山崎兵库头因为先前没能在攻打赤尾城中表现一番，故而在攻打小谷城的过程中极为活跃。直接率部一鼓作气连克丁野丸、山崎丸，甚至还将周边的寺院智善院、天德寺烧毁。