可以说，在南日向叱吒风云的尹东家经此一役后急速衰落，原本与岛津家势均力敌的形势也在顷刻之间逆转。同时，尹东家还陷入了被岛津家穷追勐打的危机之中。
不仅如此，木崎原之战更是岛津义久完成‘三州制压’的一个重要拐点。原先，岛津贵久还在人世的时候岛津家就算是向大隅发起侵攻都要耗费不少人力、物力，而且还未竟全功。
随后，肝付家、尹地知家、祢寝家等大隅一国大大小小的势力在得知木崎原之战中尹东军惨败的消息后，无不感到惊恐万分。
岛津义久当即决定，挟大胜之余威，并趁着尹东家在短时间内无力再对岛津家发起大规模的攻势之际，派遣岛津岁久、岛津家久、北乡时久等将率一万余军势大举攻入肝付领，并在住吉原之战中一举击溃了前来阻遏岛津军进军的肝付军，讨取了一千余人，肝付兼亮更是仅以身免。
肝付家盟友尹地知重兴、祢寝重良二人见势不妙当即向兵锋正盛的岛津军开城投降，并献上人质、誓书，表示降服，之后更是主动担任岛津军的先导役，为岛津军引路并攻落了肝付领的最后一道防线——牛根城。
肝付兼亮在大势已去后被迫接受岛津家重臣新纳忠元的劝说，向岛津家投降称臣。至此，镰仓幕府以来的大隅大名肝付家正式宣告灭亡。
随着肝付兼亮的降服，岛津义久也将‘三州制压’的夙愿完成了一大半，下一步自然是出兵兼并日向一国。
不过，如今的岛津家实际上已经控制了日向南部的真幸院、庄内、栉间院等地。实际上岛津军只需要渡过大淀川后，攻打位于日向中部地区的尹东领。
在此之前，岛津义久还有更加长远的打算——在政治上营造声势，为自己攻略日向一国获得更强的大义名分。
于是，岛津义久就派遣了弟弟岛津家久与御一家的喜入季久作为使者，携带两百两黄金、两百两白银、十把太刀、盐硝十石、骏马一匹等大量礼品上洛，并将木崎原之战、住吉原之战的战绩以及大隅一国静谧的消息上报至上杉将军家。
当然，岛津家久、喜入季久二人还有两个重要任务：一、争取上杉将军家支持岛津家攻打尹东家，最好是获得一定军事上的支援；二、参拜尹势神宫尹势神宫原本是皇室专属之氏神，因朝廷失权之后才逐渐转变为镇守扶桑全体之大神，之后更有大量武士所崇敬。在神佛习合之教说中，为神道侧最高位的神祇，祈祷岛津家武运昌隆。