随着左久间信盛返回本领，以及木下藤吉郎率两千余军势前来驰援后，里见义弘急忙解除了对绪川城、阿久比城、沓挂城等地的袭扰和羊攻，在烧毁了一部分无法带走的粮草辎重后，就退回了三河。
不过，织田军此番只是收复位于尾张、三河两国境目地带的失地，并没有进而攻入三河的打算。因为他们已经领教过里见势的真正实力，也深知尹势一国的一向一揆众不可靠，根本不能指望这些‘见小敌勇，见大敌怯’的一向一揆众来牵制上杉军。
】
相反，上杉将军家在获得第二次三河湾海战的胜利后，一举扭转了原先在东海道诸国不利的局势。甚至还让织田家旗下的水军众被严密地封锁在各个港口内，不能达到袭扰上杉将军家海上航线的目的，更无法挑战上杉将军家的海上霸权。
可以毫不夸张地说，在第二次三河湾海战奠定的战略地图上，让上杉将军家最终在数年之后击败织田家，彻底静谧本州岛中部地区。
另一方面，八条景定为了进一步分化反上杉将军家一方的实力，就在竹中重治的建议下，派遣忍者分别潜入越前、若狭两国，主动挑起朝仓景健、朝仓景镜、朝仓景纲、鱼住景固、前波吉继（桂田长俊）、富田长繁（富田长秀）等朝仓家叛臣的内讧。
同时，景定也开始着手对被围困在坂本、坚田两地的一向一揆军发起最后的攻击。
可是，令景定没有想到的是，栗津右近、松尾左近等石山本愿寺代官是色厉内荏，上杉军还没兵临砦下，他们就率先乘着小船经琵琶湖逃离了坂本，意图逃往越前一国去投奔信奉一向宗的阿波贺三郎。
主将临阵脱逃这样的事情，对于一支大军的消极影响是层层扩大的。首先是江北十寺的坊官，只要是双腿没伤没病的，纷纷争先恐后的夺取船只，意图逃往浅井领。紧接着，江北十寺所组织的四万余一向一揆军彻底崩溃，仅相互之间踩踏而亡的就数以万计。
景定在得知此事后，当即下令麾下各部军势向一向一揆军发起勐攻。
其中，本庄繁长的表现最为活跃，他率右龙骑军左右突围，出入如飞，势不可挡。一向一揆军则是乱作一团，四处逃窜。
上杉军很快就将一向一揆军所控制的坂本、坚田两砦攻落，并一路追击一向一揆军溃军至琵琶湖岸边。剩余的一向一揆军走投无路，因为没有了多余的船只，他们为了求得一线生机，只好逃入琵琶湖中，但在琵琶湖中溺亡的数不胜数。
自坂本、坚田两地至琵琶湖岸边，伏尸数里，一向一揆军被讨取的多达两万余级。而他们先前抢掠比叡山延历寺的钱粮最终绝大部分没能顺利带走，反而都被上杉军夺取了。