神余亲纲本就是府中长尾家的谱代旗本众出身，而且还被上杉谦信派往京畿负责与朝廷、足利将军家进行联络以及贩卖越后特产青苎。他在得知三好义继率一万余大军攻入二条御所后吃惊的下巴都快掉到地上，哪怕是与足利义辉关系极差的家宰八条景定都从未想过要发兵攻杀足利义辉，身为管领代的三好义继竟然会公然发起下克上，将足利义辉杀害。
随后，神余亲纲就收留了石谷光政和耀姬，并为他们安排逃往上杉领的安全路线。
因三好义继是在光天化日之下，公然率军攻杀时任征夷大将军、武家栋梁的足利义辉，这个消息很快就传遍了京畿诸国。各地大名在听闻三好义继那丧心病狂的下克上之举纷纷表示简直闻所未闻，难以置信。
等到二条御所被完全烧毁后，三好义继突然想起足利义辉还有两个正在出家的弟弟。本着斩草除根、不留后患的原则，他就下令三好三人众、松永久秀立即将足利义辉的两个弟弟周暠和觉庆暗杀。
而松永久秀当时正身在大和，与筒井家持续交战中，只是接受了命令，但没有真的动手，反而将觉庆软禁在兴福寺中。
至于周暠就没那么幸运了，很快就被三好军暗杀。
不过，朝廷方面反而对于足利义辉的突然死亡并没有表现出非常的关注，只是在永禄之变发生半个多月后的六月七日例行追赠了足利义辉从一位左大臣的官位（《言继卿记》）。
只不过自第四代将军足利义持之后的大部分将军追赠的均是太政大臣，只有寿命及执政时间不长的五代将军足利义量、七代将军足利义胜追赠的是比太政大臣略低的左大臣，此外足利义辉之父——前任将军足利义晴也是追赠的左大臣。
至于足利义辉与朝廷间的关系如何呢？其实倒是有几个例子，比如在正亲町天皇践祚时候，足利义辉向朝廷献上太刀及钱五百疋，只不过朝廷方面觉得太少了（《惟房公记》）。
当时身在近江的流浪将军足利义辉确实不太富裕，而且还没有多少大名愿意支持他重返京都。
到了弘治四年二月末，朝廷方面宣布改元了。本来改元的相关事项应是朝廷方面和足利将军家方面会商达成一致后予以实施，只不过这次朝廷找到的是拥有京畿诸国实权的三好长庆，与足利义辉完全没什么关系。足利义辉虽然为此表示抗议，仍然使用弘治年号但也无济于事。
斋藤义龙当时也掺和了一下，通过政所执事尹势贞孝申请到了治部大辅的官位（《御汤殿上日记》）。本来应该作为武家官位推举人的征夷大将军足利义辉再次被晾在了一边，因当时尹势贞孝是站在三好长庆一方，与足利义辉则是站在对立面的。
可以说足利义辉与朝廷间的关系不能说佳，不少本该由征夷大将军出面处理的事项都无法一一参与进去。
值得注意的是，织田信长给后来拥立的征夷大将军足利义昭的那份着名的《十七条意见书》中的开篇首条第一句就是“光源院殿（即足利义辉）怠慢于参觐内里，最终没能得到神佛的庇佑”（《信长公记》），也从侧面可以反映出足利义辉与朝廷的关系。
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