三之丸的守将晴山治部少辅、円子金五郎等人在见战况逐渐不利于己方后，亲自率五十余名徒步武
士向上杉军发起反击，在即将把上杉军赶出城外之际，城下突然出现了一队铁炮队，并向他们进行集火射击，晴山治部少辅、円子金五郎等人当成被打成了筛子。
这就样，景定下令各部集中攻击九户城三之丸的大手门后，终于将大手门夺取，并进而以绝对的优势兵力夺取了三之丸。
九户政实这下只好在收拢败军后退守二之丸和本丸，惊惧不已，顿时心生投降之意。
然而，上杉军却并没有给九户政实丝毫机会。
随最上义守一同参阵的最上义光率一百余军势如同蚂蚁一般攀上二之丸，并与守军展开惨烈的厮杀，经过一番苦战后，终于打开了一个缺口，石桥广繁、最上义守、柏山明吉、真田幸纲等部随即一拥而上，在几个时辰后接连攻落二之丸和本丸。
城守信尹、高田康实、四户宗泰、七户家国、小豆泽骏河守、芦名泽太郎兵卫、黑土丹后守等诸多参与国人一揆武将被讨取。
九户政实却在混战之中，非常幸运的率十余名马廻众成功突出重围。他试图逃往三户城，前去投奔南部实亲、二户一休斋等人，打算在三户郡、北郡等地重整旗鼓，与上杉军再战。
但上杉军却对其紧追不舍，最终在高森山一带追上了正在逃亡的九户政实。在经过一阵短兵相接后，九户政实被相马盛胤所讨取。
从永禄七年五月至永禄八年四月，坚持了十一个月的九户一揆（九户之乱）大致被平定下来。
而在战后，九户一族因九户政实先前对三户城屠城而付出惨重了代价——包括老弱妇孺在内，两百余人无一幸免。
随着九户城的陷落、九户政实兵败而亡，困守孤城的栉引清长、南部实亲、二户一休斋、东朝政、南盛义等人再也无力坚持下去，只好身着白衣，主动开城向上杉军投降了。
不过，栉引清长、南部实亲、二户一休斋、东朝政、南盛义等人的主动投降却并没有获得景定的原谅，反而被勒令于三户城外切腹自尽。
至此，陆奥一国达成静谧，而七户家、栉引家、九户家、久慈家、东家、南家等陆奥、陆中参与国人一揆的国人领主、地头武士领地也被尽数没收。
南部信直、八户直荣二人则是分别获封石龟城六千石、栉引家旧领八千石。
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