在上杉家家宰八条景定的一手运作下，畠山义续、畠山义纲父子二人还没在石动山城待上多久，就再一次被匠作畠山家的重臣们联合起来流放处境。
最让畠山义续、畠山义纲父子二人饱受打击的是，原先站在他们一方的畠山将监、畠山义远等一门亲族众都背叛了他们。
至于畠山将监、畠山义远等匠作畠山家的一门亲族众为何会突然改换门庭，其实原因也很简单。他们在远离匠作畠山家中枢之后，就与普通的国人领主没有太大的区别，他们首先要考虑的就是自己的家族利益不受损害。
而畠山义续、畠山义纲父子二人致力于家督集权、能登一元化统治，自然而然的就触犯了绝大部分国人领主的利益，随后也因此导致了家中重臣接二连三的举兵谋逆。
对于畠山将监、畠山义远等匠作畠山家的一门亲族众来说，如今谁来当匠作畠山家的家督已经对他们来说没什么特殊意义了，他们只想继续保住自家的一亩三分地即可。这也是他们为何会一开始反对游左续光、游左宗円、长续连等家中重臣，而后就不再坚持要求畠山义续、畠山义纲父子返回能登了。
另一方面，畠山义续、畠山义纲父子二人在行至加贺江沼郡与越前境目地带时，就莫名其妙的染病而亡了，之后由饭川光诚护送畠山义续和畠山义纲的遗体继续前往京都。
天文二十四年，三月。
上杉辉虎在与八条景定、本庄实乃、直江景纲等家中重臣商议之后，便对参与对能登、加贺两国征伐的众臣做出了以下安排：
二本松畠山家家督二本松义有（二本松义氏养子）回归匠作畠山家，更名为畠山义有，受封能登鹿岛郡胜山城，领两千石知行地；
免除二本松义氏、新城村尚、高玉家继等二本松畠山家一族之罪，二本松义氏受封岩代岩角城两千知行地；
越后不动山城城主山本寺定长，转封至加贺河北郡高松城，领三万五千石知行地，同时担任石川郡仓谷金山奉行；
越后鸟坂城城主中条藤资，转封至加贺石川郡金泽城（尾山御坊），领六万八千七百石知行地，同时担任加贺守护代、石川郡郡代、本吉凑（三津七凑之一）凑奉行等职；
越后黒川城城主黑川清实，加封越后筑地城八千八百石知行地；
越后平林城城主色部胜长，加封越后根古屋城四千石知行地；
越后安田城（下越扬北安田城）城主安田长秀，加封越后村杉城三千石知行地；
越中富山城城主柿崎景家，加封越中增山城一万三千六百石；
越中上见城城主庄田定贤，加封越中广濑城三千石知行地，仍为鱼津凑、岩濑凑凑奉行；
越中井波城城主福王寺孝重，加封越中隐尾城五千石知行地；
越中火宫城城主神保觉广，转封至加贺能美郡波左谷城，领一万七千石知行地；
越中放生津城城主管名重国，转封至加贺能美郡和田山城，领一万八千七百石知行地；
越中增山城城主安田景元，转封至能登凤至郡穴水城，领两万五千石知行地；
越中津毛城城主桃井义孝，转封至能登鹿岛郡石动山城，领两万石知行地；
越中小岛城城主小岛职镇，转封至能登羽咋郡末森城，领一万八千石知行地；
越中松仓城城主椎名景直，转封至能登鹿岛郡七尾城，领两万石知行地；
越中长泽城城主长泽光国，转封至加贺能美郡小松城，领两万三千七百石知行地；
南出羽鲇贝城城主长尾为重，继承其子亡领犬伏城九千五百石知行地；
越中海老江城城主平田长景，转封至能登鹿岛郡能登岛向田城，领七千七百石知行地，同时维护北陆道诸国的船运安全，打击他国海贼众；