张大校带着伤员赶回了基地，所有人在进入基地前均照射了复合射线，以杀除外来生命体。由于吞噬虫粘液侵蚀毒性大，不少伤员来不及照射射线，或者在照射过程中即死去，这让大家对吞噬虫的威力感到后怕。
张大校安排了一只特别医疗团队对吞噬虫细胞病毒展开攻关，以制备防感染疫苗，并安慰伤员们安心养伤。同时，由于减员严重，张大校申请总部派遣更多增援部队。
在红玫瑰所在的后勤能源补给中心，一台巨大功率的悬浮恒星能量站已经建成，并预备在明天正式开启。能量站可以通过电磁引力抽吸恒星光热，最终转化为电能，存储在压缩成的几毫米厚的压缩能量板中，以给各类设备提供源源不断的能量。启动之前，红玫瑰最为站长，召开了动员大会，以激励各类科研和后勤人员拿出最佳状态，挣取明天能顺利启动能量站。
由于大部分人员参与了动员大会，工作站内守备空虚。在电磁引力抽吸塔的最核心工作舱，几位科研人员正紧张地核对设备状态，以为明天的启动做最后准备。一个着警卫衣服的工作人员快步地走入工作仓，不由分说就用离子枪朝工作人员射击，并对着关键设备猛烈射击。
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“你疯了吗？你是谁？”一个机器人族的工作人员被射中后起身朝警卫扑了上去。警卫露出真面目，模样仿佛八爪章鱼。这只大章鱼用一只触手将机器人牢牢缠住，另外几只触手均持着离子枪，不停地破坏着舱内的关键设备。
一个躲在角落的工作人员躲闪着拉响了警报，核心工作站启动了一级预警。
红玫瑰得到消息后立即赶来时，这只八爪怪已经被警卫门击毙，但核心工作仓损毁严重，重新修复至少五天时间。红玫瑰感觉事态严重，一边向作战总指挥部报告情况，一边在宣布整个能量补给中心进入紧急戒备状态，以严查间谍。
根据八爪鱼的身份确定，是来自黑暗联盟的水族雇佣兵。红玫瑰尝试通过与金甲大猩猩大队长联系，以获得八爪怪的背后信息，但金甲大猩猩无能为力，难以帮忙。总指挥部下文狠狠批评了红玫瑰，并让红玫瑰加强警戒，亲自带人看守能量塔。至于间谍的事情，则会派遣一个2人专家团来彻底调查。
在张大校所负责的基地，作战指挥中心派遣了一支特殊作战部队前来增援。这支神秘的部队带来了新的武器，一类针对硅元素基础细胞的生物病毒，这种病毒能够快速感染吞噬虫机体，并造成机体溃烂而亡。
特殊作战部队利用吞噬虫的残肢作为培养基，大量繁殖生物病毒，并将病毒载体装配到导弹上，计划发射到地方基地，造成生物杀伤。虽然在银河系内部，生化武器公约依旧有效，但是对于外星入侵势力，显然没有任何顾忌。而且在银河系的对外扩张战争中，生化武器往往被滥用。
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就在特殊作战部队紧锣密鼓地开展生化实验时，在伤病室，奇怪的人口失踪事件不断发生，医务室内的伤员均胆战心惊，彻夜难眠。病人中流传着五爪怪物吞噬伤员的流言，张大校早通过视频录像了解了真相，原来几个感染粘液的伤员杀毒不成功，已经病变成吞噬虫，这些吞噬虫变化为人形怪，潜伏在伤员或医护人员中，并在夜间吞噬伤员或袭击战士。
为了避免恐慌扩大，张大校封锁了流言，并封锁了医护中心，禁止人员随意出入。
不同于战场上的死伤，吞噬病毒的这种感染袭击，使得张大校手足无措，他将消息上传给了作战指挥中心，并申请与中心切断一切人员来往，任何发往中心的信息，也必须经他之手，因为他怀疑在基地内部，吞噬虫变体已经无处不在，基地完全处于失控状态。
为了避免病毒蔓延，他命令特殊作战部队立即研制防吞噬虫病毒感染疫苗。同时，他也向他的师妹——红玫瑰请教抵御吞噬虫病毒的方法。红玫瑰将李彪传授她的基因重组方法告诉了张大校，并给出了具体的基因重组系列。
然而，重组自己的基因并非简单的能力，即使是张大校，也需要经过较长一段时间的闭关修炼才可完成，而远水救不了近火，张大校和红玫瑰只能相互提醒对方注意间谍入侵，两人交流完毕，均深深笼罩在吞噬虫阴影中。
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战事方面，前方派出的侦查兵报告敌方地面军团和空中军团正开始新的集结，而且我方秘密军事基地可能已经暴露。张大校临时集合了现有军队，所有士官约600多人，加上后勤等人员，约900多，另有近百名伤员被隔绝在医护中心。
张大校激励大家做好防御工作，因为敌人很可能发动大规模攻击，对于吞噬虫间谍事件，张大校安慰大家新的吞噬虫感染疫苗正在开发中，而且很快就会成功。动员结束后，张大校喊来了副官，让秘密筹备物质和人员，组建新的基地。
新基地的计划是张大校提出，即在周边10公里山地挖掘新的军事堡垒，与老基地形成犄角，互为支援。一来，老基地内已被吞噬虫间谍渗入，新基地人手应以疫苗反应正常者为候选人，以保证新基地人员内部不出问题。
另外，新基地人员可以绕出敌人背后，打敌人措手不及。这一秘密计划提出后，总部立即同意，但提出新派遣本德尔少将作为新基地的指挥官，张大校及其副官均受他指挥。本德尔是联合军团第3方面军总司令的儿子，在历次战争中军表现优异，但其人飞扬跋扈，对下属要求严厉。